Podobne procesy decydują o tym, czy komórki zróżnicują się, czy pozostaną nie zróżnicowane w zależności od lokalizacji. Biologia molekularna odkryła specjalny rodzaj genu, zwany genem homeotycznym. Gen ten koduje białko, które przyłącza się do części innych genów i reguluje produkcję białek kodowanych przez te geny. W ten sposób geny homeotyczne regulują procesy różnicowania, odpowiedzialne za powstanie kształtów poszczególnych narządów (np. skrzydła, oka czy części kręgosłupa). W wypadku muszki owocowej mutacja genu homeotycznego może doprowadzić do tego, że zamiast czułka wyrośnie odnóże kroczne. Frekwencja aktywnych genów homeotycznych zmienia się w zależności od miejsca – zwykle ich liczba rośnie ku przodowi ciała i w rejonie rdzenia kręgowego.Podsumowując: komórki uaktywniają geny w czasie i przestrzeni, by kontrolować cząsteczki morforegulatora, które z kolei regulują ruchy komórek i ich łączenie.
