Określenie naturopatia nie było używane aż do końca dziewiętnastego wieku, chociaż filozofię medycyny naturalnej zapoczątkował Hipokrates około 400 roku p.n.e. Wcześniej ludzie wierzyli, że chorobę wywołują siły nadprzyrodzone. Hipokrates wysunął teorię, że wszystko co naturalne posiada racjonalne podstawy i że źródłem chorób jest przyroda: powietrze, woda, pożywienie. Wierzył również w vis medicatrix naturae – uzdrawiającą moc natury. Uważał, że ciało posiada wrodzoną zdolność do samoleczenia.
Lata 1780-1850 nazwano Erą Medycyny Drastycznej. W tym okresie pacjentów leczono metodami „drastycznymi”, takimi jak puszczanie krwi, lewatywy, stosowanie środków przeczyszczających. Wierzono, że puszczanie krwi poprzez nacinanie żył lub dostawianie pijawek usuwa zanieczyszczenia z organizmu. Jako środka przeczyszczającego używano chlorku rtęci, który, jak obecnie wiadomo, może wywoływać poważne zatrucia. Terapia taka była szkodliwa i bolesna; często stan zdrowia pacjenta znacznie się pogarszał, a bywało, że chory umierał. W Erze Medycyny Drastycznej środowisko lekarskie było zdominowane przez mężczyzn. Kobietom oraz znachorom leczącym metodami niekonwencjonalnymi zabraniano wykonywania praktyki medycznej. Lekarze sprzeciwiający się medycynie drastycznej stosowali tylko niektóre alternatywne sposoby leczenia, głównie ziołolecznictwo.
W roku 1810 niemiecki lekarz Samuel Hahnemann, przeciwstawiając się powszechnie przyjętym metodom terapeutycznym, rozpoczął stosowanie homeopatii. Określenie homeopatia pochodzi od dwóch greckich słów: „podobny” oraz „choroba, cierpienie”. Jest to metoda terapii oparta na zasadzie, że „podobne należy leczyć podobnym”. To znaczy, że substancje naturalne, wywołujące jakieś objawy w organizmie zdrowego człowieka, mogą wyleczyć chorego skarżącego się na takie właśnie dolegliwości.
