Określenie naturopatia nie było używane aż do końca dziewiętnaste­go wieku, chociaż filozofię medycyny naturalnej zapoczątkował Hipokrates około 400 roku p.n.e. Wcześniej ludzie wierzyli, że chorobę wywołują siły nadprzyrodzone. Hipokrates wysunął teorię, że wszystko co natural­ne posiada racjonalne podstawy i że źródłem chorób jest przyroda: powietrze, woda, pożywienie. Wierzył również w vis medicatrix naturae – uzdrawiającą moc natury. Uważał, że ciało posiada wrodzoną zdolność do samoleczenia.

Lata 1780-1850 nazwano Erą Medycyny Drastycznej. W tym okresie pacjentów leczono metodami „drastycznymi”, takimi jak puszczanie krwi, lewatywy, stosowanie środków przeczyszczających. Wierzono, że puszczanie krwi poprzez nacinanie żył lub dostawianie pijawek usuwa zanieczyszczenia z organizmu. Jako środka przeczyszczającego używano chlorku rtęci, który, jak obecnie wiadomo, może wywoływać poważne zatrucia. Terapia taka była szkodliwa i bolesna; często stan zdrowia pacjenta znacznie się pogarszał, a bywało, że chory umierał. W Erze Medycyny Drastycznej środowisko lekarskie było zdominowane przez mężczyzn. Kobietom oraz znachorom leczącym metodami niekonwencjo­nalnymi zabraniano wykonywania praktyki medycznej. Lekarze sprzeci­wiający się medycynie drastycznej stosowali tylko niektóre alternatywne sposoby leczenia, głównie ziołolecznictwo.

W roku 1810 niemiecki lekarz Samuel Hahnemann, przeciwstawiając się powszechnie przyjętym metodom terapeutycznym, rozpoczął stosowanie homeopatii. Określenie homeopatia pochodzi od dwóch greckich słów: „podobny” oraz „choroba, cierpienie”. Jest to me­toda terapii oparta na zasadzie, że „podobne należy leczyć podobnym”. To znaczy, że substancje naturalne, wywołujące jakieś objawy w organi­zmie zdrowego człowieka, mogą wyleczyć chorego skarżącego się na takie właśnie dolegliwości.